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疯狂的收藏家吉尔露太为了引出传说中的海之神 №249  洛奇亚，捕捉了亚西亚岛的 №146  火焰鸟，并还想进一步捕捉 №145  闪电鸟和 №144  急冻鸟，导致世界各地开始出现天灾地变的异象。这时正好小智一行人来到亚西亚岛，并在当地庆典活动中被推举扮演传说中的控制者。控制者必须到神鸟的三座岛屿中取得三种宝藏，在取宝藏的过程中，小智目赌神鸟被吉尔露太抓走。

疯狂收藏家吉尔露太为了个人私欲不顾世界的存亡固然令人气愤，可是当神鸟被小智释放后，竟不顾一切的展开疯狂攻击。眼看着世界末日的预言真的就要成真……

原来独自孤独生活的少女小米，在某夜，因为将下落不明的父亲秀力所留下的未知图腾卡排列后，没想到却因此开启了可怕的“结晶世界”！

而传说中的精灵宝可梦 №244  炎帝竟然将小智的妈妈带往结晶塔里去了！小智一行人是否能够将妈妈平安地救回来呢？

雪成在森林里为了守护被猎人追捕的 №251  雪拉比，被“穿梭时空的力量”卷入，带到了40年后的未来。在40年后的世界，雪成相遇小智他们。但是在这世界里，火箭队史上最强的男人“比夏斯”正打算捕猎雪拉比。

比夏斯拥有能将一切精灵宝可梦变得兄恶的黑暗球，将雪拉比自小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏比捕捉的雪拉比，小智与雪成拼命奋战。可是，温柔的雪拉比已经发生了很大的变化……

激烈的对战中，传说中的精灵宝可梦 №245  水君出现了！小智他们能否拯救雪拉比和森林呢！？

有两个世界级的怪盗，看中了心之水滴，并且以这为目标来下手，随着心之水滴所隐藏的封印即将被解除，城市将被大洪水吞没！小智和皮卡丘有办法平安的渡过危机吗？

为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与黛安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声……

那是在“沉眠之茧”中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的精灵宝可梦─ №385  基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。

虽然基拉祈只能停留短暂的7日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的精灵宝可梦的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。

不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

在那之后经过了四年。有一天小智和皮卡丘们来到了高科技城市拉鲁斯市。想在这里的对战塔和其他的精灵宝可梦进行战斗。小智巧遇一名少年而他就是小超。小超因为四年前的事，让他完全无法和精灵宝可梦相处。小智和皮卡丘在知道这样的情形后积极帮小智克服这问题。这时候突然出现了神秘精灵宝可梦代欧奇希斯。他的目的到底是什么？

以高科技城市为舞台，即将展开精灵宝可梦史上最大的冒险！

几百年后，小智一行人来到了欧鲁德朗城，在这里正举办歌诵勇者亚朗的庆典，他们换上了当地的服装，小智还在庆典举办的比赛中拿到优胜，荣获勇者亚朗的名号。在当晚，正当大家正沉醉在快乐的舞会时， №151  梦幻却出现了，并带走了 №025  皮卡丘和 №052  喵喵。另一方面，就在舞会要结束时，亚朗权杖上的封印竟解除了，从里面出现了 №448  路卡利欧，它对于亚朗封印自己的事无法谅解。这时小胜跑了过来告诉大家 №151  梦幻带走了 №025  皮卡丘。十分担心 №025  皮卡丘安危的小智等人，于是并决定在 №448  路卡利欧及探险家琪朵小姐的带领下，前往 №151  梦幻所居住的地方-世界初始之树……

就在此时，海盗“幽灵”来袭想要抢走广美所持有的蛋。在激烈的争夺之中，蛋突然发出强烈的光芒，被称为 №490  玛纳霏的梦幻精灵宝可梦，就这样在小遥的手中诞生了。而这只玛纳霏正是能解开神殿秘密的关键。

精灵宝可梦保育家“阿杰”的任务是护送玛纳霏平安返回神殿。小智他们与阿杰一同航行跟在玛纳霏后面。途中，玛纳霏为了找回小遥被风吹落海里的头巾，而消失在海中。小智他们为了寻找玛纳霏也来到了神殿，此时出现在他们面前的居然是幽灵！他的目的是神殿内水之民的秘宝。可是当幽灵拿走秘宝的瞬间，天花板突然大量进水，亚克夏开始冒泡沉没。到底，秘宝有没有办法再抢回来呢？小智与小遥和玛纳霏的命运将会如何？苍海的王子玛纳霏，现在将引发奇迹…

最近在白杨镇出现了一个来历不明的精灵宝可梦，他会让人们与精灵宝可梦们昏厥并产生恶梦。在镇里的名士“艾伯特男爵”，为了捕捉而组成了讨伐部队。终于，迫使它出现了，也是人称之为梦幻的精灵宝可梦 №491  达克莱伊。

同时在另一方面，艾莉丝的青梅竹马“东尼欧”，身为科学家的他察觉到空间异常的现象。在白杨镇的上空居然发生了“时空的夹缝”，被称为神的两只精灵宝可梦 №483  帝牙卢卡与 №484  帕路奇犽这时双双出现了！绝对不能碰面的两只精灵宝可梦，与达克莱伊相遇之时，就连时空都为之撼动，史上最大的战斗将就此拉开序幕！

某天，“感恩”精灵宝可梦 №492  洁咪，突然出现在旅行途中的小智一行人面前。后来，小智一行人与洁咪，准备一起前往葛拉西蒂亚花田，但是在那里等着他们的是对洁咪虎视眈眈的骑拉帝纳、以及操纵著尖端科技的巨型母舰的神秘青年杰洛…。

隐藏在葛拉西蒂亚花中的秘密到底是？被称为神的精灵宝可梦们的对战结果又会是！？洁咪的真正的力量又是！？小智一行人是否能阻止杰洛的阴谋，拯救这个世界呢！？最后的高潮，将会是超乎你所想像的“美丽奇迹”！

突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼近，就在快被龙卷风卷入时，随著“帝牙卢卡，拜托了！”的声音出现了一名女性。下一刻，撕开空间的 №483  帝牙卢卡出现了。

这位名叫“希娜”的女性，是遗迹的守护者，拥有与精灵宝可梦心灵相通的能力。在希娜的邀请下，让小智他们使用时空仪来说明有关帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳的空间，并说起了在米季纳关于被称为诞生一切的幻之精灵宝可梦 №493  阿尔宙斯的古老传说…

在旅途中，小智们与正在寻找同伴的精灵宝可梦“索罗亚”相遇，并一起结伴同行。

就在此时，被称为“索罗亚克”的精灵宝可梦竟然化身成为 №243  雷公、 №244  炎帝、 №245  水君的模样，在王冠市的街道上大搞破坏。就连相隔了20年再度回到这座城市的 №251  雪拉比，也面临了危险…

王冠市到底面临着什麽样的危机？幻影的霸者“索罗亚克”的身分究竟是？雪拉比的命运又会如何？小智和皮卡丘是否能够解救城里遭遇危险的精灵宝可梦们？

小智等人为了参加收获祭对战大会来到艾茵多奥克，他们在这里遇到了能给予人或精灵宝可梦不可思议力量的梦幻精灵宝可梦－ №494  比克提尼。大地之民的后裔－德雷多企图利用比克提尼的魔力让早已绝迹的古王国重现人间，艾茵多奥克因此陷入前所未有的混乱。 究竟小智一行人能不能拯救陷入危机的城市呢？比克提尼的命运将会如何？伴随着捷克罗姆、雷希拉姆的谜团，精灵宝可梦史上最大的冒险，带给你无限的感动！